統合版とJAVA版は共に「マインクラフト」というゲームの略称を持っていますが、実際には異なるバージョンのゲームです。統合版は主にスマートフォンやテレビゲーム機（Xbox、PlayStationなど）で利用されるマルチプラットフォーム版のマイクラであり、JAVA版はWindows、Mac、Linuxなどで利用できるパソコン版のマイクラです。
統合版とJAVA版の最大の違いは使用するプラットフォームの違いです。統合版はスマートフォンやゲーム機のようなタッチスクリーンやコントローラーを使用してプレイすることができますが、JAVA版はキーボードやマウスを使用して操作します。
また、そのために統合版とJAVA版では操作方法が異なります。統合版ではスマートフォンやゲーム機のコントローラーによる操作が中心ですが、JAVA版ではキーボードやマウスの操作が主になります。
また、統合版では様々なプラットフォームでプレイすることができるため、マルチプレイでの規制やセーブデータの管理などが統一されています。一方、JAVA版はパソコン上でプレイするため、サーバーの設定やMOD（ゲームの改造）の導入など個々のプレイヤーが自由にカスタマイズすることができます。
エンチャントも統合版とJAVA版では若干の違いがあります。統合版ではエンチャントの種類やランクが抑えられており、一部エンチャントが使えないものもあります。一方、JAVA版ではMODを導入することでより多様なエンチャントを使用することが可能です。
統合版とJAVA版ではもちろんマルチプレイ（オンライン上で他のプレイヤーと一緒にプレイすること）も可能ですが、異なるバージョンのマイクラを使用している場合はプレイすることができません。そのため、友達や家族と一緒にプレイする場合は同じバージョンのマイクラを使用する必要があります。
以上が統合版とJAVA版の違いについての説明です。どちらもマイクラの楽しみ方によってはメリット・デメリットがありますので、自分のプレイスタイルに合ったバージョンを選ぶことが重要です。
