マインクラフトは2009年にモヤンゲームズ（Mojang）がリリースしたサンドボックスゲームで、プレイヤーは自由にブロックを配置して、クラフトや建築をすることができます。初期のバージョンでは、メインコードを心配することなく、開始はスムーズでしたが、ゲームの人気が急上昇するにつれて、多くのバグや問題が発生してきました。
最初のバグは、バイオーム（地形のタイプ）が生成される際に、異なる高さの地形がつながらないことでした。この問題はすぐに解決されましたが、バイオームの境界は今でもわずかに見られ、たまに見かける超高層地形も残っています。
その後もバイオームに関連するバグが多く発生し、海水と空気が完全に混ざり合った「ランダムチャンク」と呼ばれる現象が発生して、海面が地表に広がる人々が出現しました。バイオームと周りの地形の間に空間が残されることもあり、水が引ける「ハニトラップ」と呼ばれるバグもありました。
2009年後半に公開された1.3バージョンでは、銃火器モダンガンが追加されましたが、射撃した際にブロックを貫通してしまう「オーバーライド」バグがあり、多くの建築物が破壊されることになりました。また、同バージョンではダブルドア（二つのレバーで一つのドアを開閉する仕組み）のバグも発生し、片方のドアが開いた状態でもう一つのレバーを操作すると、もう一方のドアが開いてしまうという問題がありました。
2010年には多くのバージョンアップが行われましたが、それに伴い新しいバグも発生しました。例えば、Pigmen（イノシシのようなMOB）が誤って生成されたり、魚が陸上に湧いたり、トロッコが空に浮いたりするなど、様々なものでした。しかし、これらのバグはすぐに修正されています。
2011年に公開された「洞窟更新」では、水流が急激な勢いで流れるかわりにまったりとした流れになることで、洞窟が水で溢れたり、水が逆流する「楽しい水のバグ」が発生しました。また、同バージョンでは絵画を設置するとゲームがクラッシュする「カンバスバグ」もありました。
2012年には物理エンジンの改善が行われましたが、それに伴い不必要なブロックが生成されたり、ネザーポータルが意図しない場所に生成されてしまうなどのバグが発生しました。同年、ジャングルバイオームが追加されましたが、木のトップや葉っぱが見えなくなる「森林バグ」が発生しました。
2013年、新しいバージョンである「MagicalConsole」がXbox 360向けにリリースされ、対応されたマップに精力神の力で爆発するバグが発生し、多くのプレイヤーが激怒しました。さらに、同年には花火の爆発によってブロックが破壊されない「花火バグ」が発生しました。
2014年後半、新しいバージョンの「ザウルトランスファーフンデーション」が導入されましたが、ゲームに大きな影響を与えるバグが発生しました。例えば、テラリアボスが無害になり、既存のワールドが生成されなくなる「テラリアバグ」や、メインゲーム画面の上方に無限に追加される「スタックバグ」などです。
2015年には、ノートブロックの音楽がランダムに再生される「音楽バグ」が発生し、プレイヤーの集中力を損なうことになりました。同年、海のマイナーリズムを逃すとゲームがクラッシュする「リトルバグ」もありました。
2016年には、ネザーポータルの上部にブロックを貼り付けるとクラッシュする「水平バグ」や、ゲーム内でビルドされた画像の一部が全く違うものになっている「ビルドバグ」が発生しました。
2017年にはゲームバージョン「風」が追加され、新たなバグも発生しました。変形したノートブロックがゲームをクラッシュさせる「タランチュラバグ」や、暗黒方向スキンまたは水の中にいると逆向きに歩く「ダークスキンバグ」があります。
最近のバージョンでも、様々なバグが発生しています。2020年、新しいバージョン「変更557」の発表日に、Nether（ネザー）に関する重大なバグが修正されたことが発表されました。しかし、バグは解消されていません。
これまで数多くのバグが発生してきましたが、開発チームは常にプレイヤーの意見を反映して修正を行ってきました。今後もバグの修正や新たなバージョンのリリースが続くことが予想されます。マインクラフトは今でも大人気のゲームであり、今後も様々な歴史が作られていきます。
